La risonanza magnetica è una metodica di II livello che utilizza campi magnetici per produrre immagini volumetriche ed in casi selezionati immagini funzionali del corpo. Non utilizza quindi radiazioni ionizzanti ma si comporta come una grossa calamita.

È un esame che può riscontrare o caratterizzare meglio le anomalie dei diversi organi rispetto alla radiologia tradizionale, alla ecografia e in alcuni casi rispetto alla tomografia computerizzata (TC).
Lo studio risonanza magnetica, anche con le moderne apparecchiature, richiede tempi di esame lunghi (normalmente più di 30 minuti) ed è necessario che i bambini restino fermi durante l'esame.

L'esame consiste nella acquisizione di diverse sequenze che sono segnate da una serie di rumori abbastanza forti che non devono preoccupare. È necessario compilare un questionario preliminare per verificare che non ci siano controindicazioni assolute o relative all'esame, come ad esempio corpi o schegge metalliche, pace maker, protesi del cristallino o ortopediche, protesi valvolari cardiache, etc. 
La preparazione all'esame dipende dalla necessità o meno di somministrare endovenosa il mezzo di contrasto e dalla necessità o meno di sedazione/anestesia.

L'esame senza mezzo di contrasto non in anestesia non richiede alcuna preparazione.
L'esame con mezzo di contrasto richiede:

- Esami di laboratorio di funzionalità renale (creatinina);
- Digiuno da almeno 2 ore;
- Un accesso venoso con piccolo ago da posizionarsi preferibilmente alla mano o al gomito; nei neonati potrebbe essere necessario utilizzare le vene che si trovano sul cuoio capelluto, il collo o i piedi.

La quantità di mezzo di contrasto da iniettare viene decisa in base al tipo di esame e al peso del bambino.

Necessitano di un digiuno da cibi solidi e da liquidi più prolungato, anche di 8 ore. Spesso sono richiesti una serie di esami che verranno prontamente comunicati da Personale Qualificato.

Le complicanze legate alla risonanza magnetica sono rarissime e si riducono sostanzialmente a problematiche allergiche o legate alla presenza di corpi estranei metallici misconosciuti. Le complicanze allergiche alla somministrazione endovenosa di mezzo di contrasto sono molto rare. Ogni sala radiologica è dotata di un carrello di emergenza secondo le normative vigenti. Se il bambino è soggetto a reazioni allergiche (di qualsiasi natura) si deve avvisare il Medico Radiologo prima di eseguire l'esame.
Raramente, in soggetti particolari con insufficienza renale grave (VFG< 60 ml/min) e predisposizione genetica, l'uso del mezzo di contrasto potrebbe determinare, insieme ad altre cause, lo sviluppo di una patologia chiamata fibrosi nefrogenica sistemica.