Le malattie infiammatorie croniche intestinali (MICI) sono caratterizzate da un'infiammazione cronica dell'intestino.
A seconda delle loro caratteristiche e del tratto intestinale colpito possono essere divise in: 

- Rettocolite ulcerosa (RCU): caratterizzata da un processo infiammatorio superficiale (che interessa solo la mucosa intestinale) localizzato esclusivamente a livello del colon, che parte dal retto e si può estendere in maniera continuativa fino al ceco;
- Morbo di Crohn (MC): caratterizzato da un processo infiammatorio che può colpire tutto il tratto intestinale dalla bocca all'ano e che coinvolge tutti gli strati della parete dell'intestino;
- Malattia infiammatoria cronica intestinale non classificata: questo termine è riservato a quei casi i cui sono presenti aspetti anatomopatologici comuni sia alla rettocolite ulcerosa che al morbo di Crohn.

Le cause delle malattie infiammatorie croniche intestinali sono in realtà sconosciute. L'ipotesi patogenetica prevalente è che, in soggetti predisposti geneticamente, si possa instaurare una reazione abnorme di tipo immunologico a livello intestinale nei confronti di antigeni a cui lo stesso viene esposto (che possono essere anche batteri normalmente presenti nell'intestino).

Si possono manifestare sia con sintomi gastrointestinali che con sintomi extraintestinali.
I sintomi intestinali più frequenti sono: diarrea cronica o recidivante, con o senza sangue visibile, dolori addominali, stimolo doloroso all'evacuazione spesso non seguito dalla stessa (tenesmo), vomito, nausea.
I sintomi extraintestinali più frequenti sono: perdita di peso o arresto della crescita staturo/ponderale, anemia, febbri ricorrenti, debolezza.

In caso di sospetto clinico dopo accurata anamnesi e visita, in prima battuta si eseguono esami ematochimici che comprendono un emocromo, PCR, VES, albumina, transaminasi, gamma GT e la calprotectina fecale.
Se tali esami confermano il sospetto (indici di infiammazione - VES e PCR - elevati, calprotectina fecale >250, eventuale anemia) si procede all'esecuzione di esofagogastroduedenoscopia e colonscopia con ileoscopia retrograda e con il prelievo di biopsie.
La positività di tale esame e la conferma dell'esame istologico al microscopio solitamente permettono di effettuare la diagnosi e di poter distinguere tra rettocolite ulcerosa e morbo di Crohn. A volte, se nonostante il sospetto clinico l'esame è negativo, si rende necessario esplorare anche il resto dell'intestino tramite videocapsula e/o entero-risonanza.
La videocapsula endoscopica permette di visualizzare l'intestino tenue, tratto di intestino compreso tra il duodeno e il colon, che non è raggiungibile con gli endoscopi di cui disponiamo (esofagogastroduodenoscopia e colonscopia). Consiste nell'ingestione di una capsula provvista di telecamera che, progredendo lungo l'intestino, trasmette le immagini della mucosa intestinale ad un registratore esterno: il video verrà visionato dallo specialista.
L'enterorisonanza viene anche utilizzata per verificare il coinvolgimento del piccolo intestino nei pazienti in cui la diagnosi sia già stata già confermata. Utile può essere anche l'esecuzione, da parte di ecografisti esperti, di un'ecografia addominale con la visualizzazione dello spessore delle anse intestinali soprattutto in fase di sospetto diagnostico e nelle fasi di follow up di malattia.

Attualmente sono disponibili diverse strategie terapeutiche che variano a secondo del tipo di malattia (rettocolite ulcerosa vs morbo di Crohn) e della gravità della stessa. In generale la terapia iniziale in caso di rettocolite ulcerosa prevede l'utilizzo di mesalazina nei casi lievi-moderati in aggiunta a steroidi e immunosoppressori in caso di malattia di grado moderato-grave. In caso di ricadute frequenti o di non efficacia di questa strategia terapeutica si possono usare farmaci biologici (ad esempio l'infliximab). In caso di fallimento terapeutico o in caso di attacco grave che non risponde alla terapia medica si può considerare la terapia chirurgica che consiste nella rimozione del colon (colectomia).
In caso di morbo di Crohn la terapia iniziale consiste nella terapia nutrizionale, cioè nell'alimentazione esclusiva, per 6/8 settimane con un latte specificatamente formulato, associata a farmaci immunosoppressori che servono per garantire il mantenimento della remissione ottenuta con la terapia nutrizionale. Nei casi refrattari a tale approccio terapeutico o nei casi di localizzazione perianale di malattia si possono usare farmaci biologici (come l'infliximab o l'adalimumab). Nel morbo di Crohn la terapia chirurgica non è risolutiva come nella rettocolite ulcerosa ma è riservata a quei casi in cui è necessaria la bonifica di ascessi e/o fistole perianali, in caso di stenosi o in caso di malattia localizzata a livello dell'ileo terminale che non risponde alla terapia.

L'insorgenza delle malattie infiammatorie croniche intestinali non si può prevenire. La corretta gestione terapeutica e l'accurata aderenza alla terapia prescritte possono però prevenire le ricadute.

Le malattie infiammatorie croniche intestinali sono malattie croniche a carattere recidivante. Lo scopo della terapia è di mantenere lo stato di remissione il più a lungo possibile.