Da alcuni anni è presente nel nostro Ospedale il servizio di risonanza magnetica e tomografia computerizzata dedicate allo studio del sistema Cardiovascolare (cardio-risonanza magnetica e cardio-tomografia computerizzata), che fa capo al Dipartimento di Diagnostica per Immagini e che effettua esami strumentali prevalentemente per il Dipartimento Medico-Chirurgico di Cardiologia Pediatrica (DMCCP). 
Nella diagnostica cardiologica Ia cardio-risonanza magnetica è una metodica ormai cruciale in quanto consente di ottenere in maniera non invasiva informazioni dettagliate sull'anatomia e sulla funzione cardiaca, utilizzando campi magnetici non dannosi per il paziente. La metodica è assai complessa sia per ragioni tecniche legate alla fase di acquisizione delle immagini sia per Ia necessità di effettuare elaborati calcoli dei dati acquisiti; tali dati permettono un'analisi morfo-funzionale molto accurata ritenuta al momento per molti aspetti il riferimento ultimo in Cardiologia.

L'esecuzione e I'interpretazione di tale esame coinvolge diverse figure professionali (Radiologo, Cardiologo, Cardioanestesista) e il team multidisciplinare supportato da personale non medico altamente qualificato (tecnici, infermieri e amministrativi). La maggior parte dei medici che fanno parte del team di cardio-risonanza magnetica ha avuto esperienze all'estero e ha acquisito competenze in diversi ambiti super-specialistici, sia per Ia parte clinica sia per quella di ricerca.
Non sono solitamente necessarie preparazioni particolari per I'esame. Per i pazienti allergici si possono effettuare trattamenti preventivi nel caso sia necessaria la somministrazione del mezzo di contrasto. Non possono sottoporsi a tale esame i portatori di protesi o dispositivi di non accertabile compatibilità con i campi magnetici (es. pacemaker, elettrodi, neurostimolatori).
La cardio-risonanza magnetica è un esame non doloroso né invasivo, tuttavia abbastanza lungo sia nella fase di acquisizione delle immagini (da 45 minuti a un'ora circa) che nella fase di elaborazione dei dati ottenuti. Per acquisire immagini di alta qualità sono necessarie la perfetta collaborazione e immobilità del piccolo paziente.
Le immagini vengono acquisite in apnea e con monitoraggio del battito cardiaco, al fine di eliminare gli artefatti da movimento cardiaco e respiratorio.
Dall'installazione della prima apparecchiatura risonanza magnetica per il cuore presso Ia sede di Palidoro nel 2007 a oggi sono stati eseguiti quasi 3000 esami e I'Ospedale Pediatrico Bambino Gesù è sicuramente uno dei centri italiani con la maggiore casistica di cardio-risonanza magnetica in ambito pediatrico. In seguito è stato installato presso la sede romana del Gianicolo un secondo apparecchio risonanza magnetica di ultima generazione, che è prevalentemente dedicato alla diagnostica cardiologica e che permette di effettuare indagini più dettagliate, utili anche a scopi di ricerca.
Considerando i tempi relativamente lunghi dell'esame, nei pazienti più piccoli (solitamente sotto gli 8 anni di età) o non collaboranti è spesso necessario eseguire l‘indagine in sedazione/anestesia generale.
Al Bambino Gesù è attiva la prima tomografia computerizzata multistrato superveloce e per la prima volta è stato possibile eseguire esami sul cuore in bambini anche nelle prime età della vita con una bassissima esposizione a radiazioni ionizzanti. L'utilizzo di questa apparecchiatura ha consentito di aumentare il potere diagnostico delle metodiche non invasive cardiologiche, in particolare è stato possibile studiare l'anatomia di strutture vascolari come le coronarie che nel piccolo bambino sono particolarmente minuscole, nella maggior parte dei casi senza necessità di ricovero, né di anestesia.
Da alcuni anni è presente una seconda tomografia computerizzata presso la sede di Palidoro con caratteristiche del tutto analoghe e dove vengono anche eseguiti esami cardio-tomografia computerizzata ambulatoriali o in regime di Day-Hospital.