L'anemia di Fanconi è una malattia genetica caratterizzata dalla variabile presenza di progressiva insufficienza del midollo osseo, malformazioni congenite e predisposizione allo sviluppo di leucemie e tumori. Poiché la compromissione della funzione midollare può interessare in modo variabile la produzione di globuli bianchi, globuli rossi e piastrine, sarebbe più corretto parlare di aplasia midollare di Fanconi piuttosto che di anemia di Fanconi, termine tuttavia usualmente impiegato nella pratica clinica.
A livello cellulare, caratteristiche della patologia sono la fragilità cromosomica e l'estrema sensibilità al trattamento con agenti che inducono danno al DNA, quali alcune classi di agenti chemioterapici e le radiazioni. 
Con un'incidenza di circa 1:100.000 nati vivi/anno, l'anemia di Fanconi rappresenta la più frequente causa di insufficienza midollare genetica.

Alla base dell'anemia di Fanconi sono state finora individuate mutazioni di almeno 20 geni denominati FANC, coinvolti nei meccanismi di riparazione dei danni al DNA, trasmessi nella maggior parte dei casi con ereditarietà di tipo autosomico recessivo o, in una piccola percentuale, X-recessivo. Nell'ereditarietà autosomico-recessiva entrambi i genitori sono portatori sani di una sola copia mutata del gene e, per ogni gravidanza successiva, hanno un rischio del 25% di trasmettere la malattia al nascituro. Nella forma X-recessiva, sono portatrici sane le femmine che, per ogni gravidanza di un figlio maschio, hanno un rischio del 50% di dare alla luce un bambino affetto dalla Anemia di Fanconi e per ogni gravidanza di una figlia femmina, hanno il 50% di probabilità di dare alla luce una figlia portatrice sana della malattia come la madre.  
Le mutazioni più frequenti sono a carico dei geni FANCA (60-70%), FANCC (10-15%) e FANCG (8-10%) mentre mutazioni a carico degli altri geni FANC sono relativamente rare.

L'anemia di Fanconi è caratterizzata da un'estrema variabilità clinica. Mentre in origine la diagnosi si basava sulla presenza combinata di anemia aplastica e malformazioni congenite, con la disponibilità di test diagnostici più sensibili e specifici, si è potuto osservare come, in una percentuale non trascurabile di pazienti, le anomalie congenite caratteristiche e/o le manifestazioni ematologiche non siano evidenti. Nondimeno, questi soggetti sono a rischio di complicanze tardive quali leucemie e tumori solidi.
Le anomalie congenite nell'anemia di Fanconi variano da quadri con scarse/assenti manifestazioni cliniche a gravi sindromi malformative. Le alterazioni scheletriche, presenti in circa il 70% dei pazienti, comprendono anomalie vertebrali, difetti dell'avambraccio, della mano e del pollice, alterazioni a carico dell'anca, scoliosi. In più della metà dei casi sono descritte anomalie della pigmentazione della pelle, quali iperpigmentazione diffusa (colorazione della pelle superiore al normale), macchie caffè-latte, aree di ipopigmentazione (diminuzione della normale colorazione della pelle). Il volto presenta spesso caratteristiche suggestive, quali microcefalia (circonferenza del cranio notevolmente più piccola della media), micrognanzia (mandibola piccola), atresia delle coane, ipertelorismo (occhi molto distanziati tra loro), microftalmia (occhi più piccoli del normale). In circa un terzo dei pazienti sono presenti anomalie renali e del sistema genitourinario. Meno frequentemente sono state descritte anomalie cardiache e del tratto gastrointestinale. Lʼaccrescimento è caratterizzato da ritardo di crescita intrauterino, basso peso alla nascita e bassa statura nelle età successive. Circa lʼ80% dei pazienti presenta anomalie endocrine, soprattutto alterazioni del metabolismo di glicemia-insulina, deficit di ormone della crescita, ipotiroidismo, ipogonadismo e alterazioni della mineralizzazione ossea.
Sebbene l'insufficienza midollare sia uno dei tratti distintivi dell'anemia di Fanconi, le manifestazioni ematologiche possono essere molto variabili. In circa la metà dei casi, la compromissione della funzione midollare compare intorno ai 5-7 anni di età con iniziale interessamento di una sola linea cellulare (più spesso riduzione del numero delle piastrine), cui si aggiungono nell'arco di 3-4 anni, difetti della produzione di globuli bianchi e globuli rossi. In alcuni pazienti tuttavia, le anomalie ematologiche non sono evidenti e la diagnosi può essere posta a un'età più avanzata, in occasione della comparsa delle complicanze tardive, come lo sviluppo di un tumore solido o di leucemie.
Nei pazienti affetti da anemia di Fanconi il rischio di sviluppare neoplasie è di circa 800-1000 volte superiore rispetto alla popolazione generale, con un'età d'insorgenza molto più precoce. Le leucemie rappresentano la forma di neoplasia maligna più frequente mentre i più frequenti tipi di tumore solido sono rappresentati dalle neoplasie epiteliali di testa, collo ed esofago. Il trattamento di leucemie e tumori nei pazienti affetti da anemia di Fanconi presenta particolari difficoltà per la peculiare suscettibilità ad alcuni agenti chemioterapici e alle radiazioni, rendendo necessarie modifiche o riduzioni dei regimi terapeutici solitamente impiegati nel trattamento di analoghi tumori nella popolazione generale.

La presenza delle malformazioni congenite caratteristiche, di insufficienza midollare e/o il riscontro di una neoplasia tipica dell'anemia di Fanconi a un'età inconsueta suggeriscono il sospetto diagnostico.
Il test diagnostico d'elezione è rappresentato dal test di fragilità cromosomica al diepossibutano (DEB test). In seguito all'esposizione a questo agente, le cellule dei soggetti affetti da anemia di Fanconi mostrano un aumento di alterazioni e rotture dei cromosomi.
In considerazione dei molti geni e mutazioni che possono causare l'anemia di Fanconi, l'analisi genetica non è impiegata routinariamente come indagine diagnostica di prima linea. Possibile eccezione è rappresentata da famiglie con mutazioni note di un gene FANC in cui l'analisi genetica può permettere l'identificazione di soggetti ancora asintomatici, la diagnosi prenatale e lo studio di eventuali fratelli/sorelle apparentemente sani, anche al fine di escludere eventuali soggetti affetti dai potenziali donatori di cellule staminali emopoietiche. 

In assenza di manifestazioni ematologiche può essere sufficiente un controllo periodico dell'esame emocromocitometrico e dell'aspirato midollare. In tutti i casi, è raccomandato eseguire la tipizzazione HLA (Antigene Leucocitario Umano) del paziente e della famiglia per valutare l'eventuale disponibilità di potenziali donatori (fratelli/sorelle) compatibili nel caso si rendesse necessario un trapianto di cellule staminali ematopoietiche. Se la tipizzazione non consente di identificare un donatore HLA-identico nel nucleo familiare, è indicata l'attivazione della ricerca nell'ambito dei registri dei donatori volontari di midollo osseo.
In presenza di manifestazioni ematologiche, si renderà necessaria una terapia di supporto con trasfusioni di globuli rossi e piastrine (al fine di mantenere i valori di emoglobina entro livelli accettabili e di ridurre il rischio emorragico) e la profilassi/trattamento delle infezioni nei pazienti che sviluppano neutropenia.
Attualmente, l'unica terapia in grado di correggere le manifestazioni ematologiche nei pazienti affetti da anemia di Fanconi è rappresentata dal trapianto di cellule staminali emopoietiche. La procedura trapiantologica costituisce, peraltro, una strategia efficace anche per prevenire o trattare lo sviluppo di leucemie e mielodisplasie, sebbene non sia in grado di prevenire lo sviluppo di tumori solidi.