L'Ospedale Pediatrico Bambino Gesù è una Istituzione della Santa Sede, da cui dipende direttamente per le funzioni di indirizzo e vigilanza.

Senza perseguire logiche di profitto, l'Ospedale opera all'interno del Servizio Sanitario Nazionale italiano, riconosciuto come Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico. Dal 2015 è accreditato come Ospedale Accademico dalla Joint Commission International.

Gli Organi gestionali dell'Ospedale sono il Presidente, che ha la rappresentanza legale, e il Consiglio di Amministrazione. Il Collegio dei Revisori dei Conti è organo di controllo.

Il Presidente viene nominato dalla Santa Sede con atto distinto del Segretario di Stato, che nomina anche i membri del Consiglio di Amministrazione e del Collegio dei Revisori dei Conti. La durata del mandato è triennale.

L'attuale Consiglio di Amministrazione è così composto:

Presidente: Mariella Enoc
Consiglieri: Mons. Luigi Mistò, Duchessa Maria Grazia Salviati, Duchessa Valentina Bonomo in Salviati, Patrizio Polisca, Giulio Cesare Nicotra, Mons. Piero Gallo, Mons. Renzo Pegoraro, Carlo Salvatori, Maria Bianca Farina, Francesca Rebecchini

Il Collegio dei Revisori dei Conti in carica è così composto:

Presidente: Tiziano Onesti
Membri effettivi: Carlo Regoliosi, Robert L. Madsen
Membri supplenti: Gianni Artegiani, Antonio Di Iorio

La struttura organizzativa dell'Ospedale è articolata in attività istituzionali (finalizzate all'assistenza sanitaria e alla ricerca biomedica), attività di supporto, staff e controllo indipendente.

L'attività complessiva è svolta nel rispetto del Codice Etico approvato dal Consiglio di amministrazione, che enuncia i valori, i principi e le regole di condotta che sono alla base dell'agire dell'Ospedale in tutte le sue componenti, compreso il rapporto con gli interlocutori esterni.